Вероника Скворцова: Создана отечественная база данных популяционных частот генетических вариантов населения Российской Федерации

Современные достижения в области генетических технологий кардинально изменили парадигму развития персонализированной медицины. Расширилось понимание механизмов патогенеза многих заболеваний, не только относительно редких – наследуемых моногенно, но и распространенных социально значимых хронических неинфекционных заболеваний, связанных с полигенной наследственной предрасположенностью.

Указом Президента Российской Федерации от 18.06.2024 года № 529 «Об утверждении приоритетных направлений научно-технологического развития и перечня важнейших наукоемких технологий» превентивная и персонализированная медицина, обеспечение здорового долголетия отнесены к приоритетным направлениям научно-технологического развития, и сегодня генетические исследования стали одной из точек роста и дальнейшего развития для всех областей медицины и биологии.

Один из первых значимых проектов по изучению генетического разнообразия человечества назывался «1000 геномов» и был начат в 2008 году. Результаты исследования опубликованы в 2012 году и основывались на данных секвенирования более 1000 образцов ДНК представителей населения 14 стран.

В 2014 году опубликованы результаты проекта ЕхАС, в ходе которого были проанализированы только экзомы (участки генома, которые кодируют белки) более 60 тысяч человек. Результаты этих исследований позднее включены в состав единой базы данных gnomAD, на сегодняшний день включающей результаты статистической обработки последовательностей ДНК более 800 тысяч индивидуумов.

При всей масштабности этих проектов следует отметить, что разные популяции в них представлены неравномерно. В частности, российская популяция, несмотря на свою многочисленность и многонациональность, в выборках ЕхАС и gnomAD практически не представлена.

В Великобритании, США, странах Евросоюза, Китае, Иране, Японии, Финляндии и других странах инициированы национальные исследовательские программы, направленные на изучение генетического разнообразия населения этих государств.

В 2018 году издан Указ Президента Российской Федерации от 28.11.2018 № 680 «О развитии генетических технологий в Российской Федерации» и с этого времени в нашей стране начата реализация Федеральной научно-технической программы развития генетических технологий. За прошедшие годы существенное развитие получили геномные, постгеномные, эпигенетические, мультиомиксные направления исследований.

Вместе с тем, для решения задач по разработке высокоточных технологий диагностики, прогнозирования, профилактики и лечения социально-значимых заболеваний, изучения генетического разнообразия российской популяции необходимо создание отечественной базы по частотам представленности генетических вариантов (полиморфизмов, мутаций) у жителей нашей страны. База должна быть основана на достоверных результатах полногеномных исследований как отдельных лиц, так и различных групп населения Российской Федерации.

Используемые отечественными учеными сведения из зарубежных источников информации и баз данных, как правило, не отражают в полной мере генетических особенностей многонационального населения нашей страны. Это существенно ограничивает возможности для создания эффективно действующих прецизионных средств диагностики и персонализированной терапии заболеваний для россиян.

Во исполнение решений Президента Российской Федерации В.В. Путина в период 2020-2024 годов Федеральным медико-биологическим агентством проведено полногеномное исследование с 30-кратным покрытием более 200 тысяч россиян, в результате которого создана первая в России и одна из крупнейших в мире баз данных популяционных частот генетических вариантов 120 тысяч условно здоровых человек.

Для создания референсного генома россиянина методами секвенирования третьего поколения (длинноридовое секвенирование) выполнена высокоточная de novo сборка полнохромосомных последовательностей, которая не имеет отечественных и мировых аналогов по своей полноте и может использоваться в качестве эталонного образца.

Для достижения достоверности выборки и её репрезентативности исследованы полные геномы россиян, проживающих в разных регионах страны.

С 14 октября 2024 года база данных популяционных частот генетических вариантов доступна по адресу https://nir.cspfmba.ru/info специалистам организаций, осуществляющих соответствующие виды деятельности, с использованием учетной записи авторизированного пользователя национального информационного ресурса, содержащего сведения о популяционных иммунологических и генетических исследованиях, проводимых в Российской Федерации, созданного по решению Президента Российской Федерации и Правительства Российской Федерации.

В настоящее время осуществляется подготовка дополнительного сегмента разработанной базы данных, отражающего представленность популяционных частот генетических вариантов у более чем 80 тысяч россиян, страдающих социально значимыми заболеваниями (сердечно-сосудистые, онкологические, неврологические, эндокринные, метаболические).  Этот сегмент будет открыт для пользователей вторым этапом.

Как подчеркнула руководитель ФМБА России Вероника Скворцова, «созданная отечественная база данных популяционных частот генетических вариантов позволяет не только проводить высокоточную оценку риска развития генетически обусловленных заболеваний и патологических состояний, но и создавать высокоспецифичные методы диагностики и прогнозирования, определять молекулярно-генетические механизмы патогенеза орфанных и широко распространенных социально значимых заболеваний человека, разрабатывать технологии персонализированной терапии. На основе разработанной базы данных возможно формирование персонализированного точного генетического профиля любого участника полногеномных исследований с возможностью оценки риска развития моногенных и полигенных хронических неинфекционных заболеваний человека».